Яков Самойлович Шварцман родился в 1876 году. В 1903 году окончил медицинский факультет Варшавского университета. После двухлетней практики в Варшаве вернулся в Россию и поселился в Одессе, где устроился на работу в Еврейскую больницу на Слободке. Специализировался по кардиологии.
С 1922 года начал преподавательскую деятельность. К началу Великой Отечественной войны работал профессором госпитальной терапевтической клиники Одесского медицинского института.
В середине 30-х годов создал препарат «миоль», который применялся для лечения инфарктов. В 1937 году был приглашен работать в Москву, но ответил отказом.
С началом Великой Отечественной войны не смог эвакуироваться с Одесским медицинским институтом ввиду болезни матери. В конце июля 1941 года вместе с женой, двумя сыновьями и племянницей приехал в Ворошиловск (Ставрополь), а 1 августа получил должность заведующего кафедрой факультетской терапии.
До 3 августа 1942 года ввиду сорванной эвакуации мединститута покинуть захваченный фашистами город не успел. Жена – Анна Львовна (урожденная Гольберг) в отличие от Якова Самойловича могла выйти из Ворошиловска пешком, но предпочла остаться с мужем и разделить его судьбу. Сыновья – Лев, Самуил и племянница Рина вышли из окружения вместе с отступающими советскими войсками.
Вопреки своей политике, направленной против лиц еврейской национальности, немцы разрешили профессору заниматься научной работой по проблеме изготовления миоля. Однако 19 сентября профессор Шварцман с женой были арестованы и 20 сентября оба умерщвлены в газовой камере.