Анатолий Афанасьевич Трущенко родился в 1908 году в г. Тбилиси. В 1935 году окончил Воронежский медицинский институт и работал в нем в должности старшего ассистента кафедры врачебного контроля и кафедры военно-санитарной подготовки.
Участник финской компании 1940 года на Карельском перешейке и Великой Отечественной войны. 22 июня 1941 года добровольцем вступил в Воронежский коммунистический добровольческий полк. Военврач 2-го ранга, старший врач полка, затем – начальник санитарной службы 15-й стрелковой дивизии (впоследствии – 1-й гвардейской). Воевал на Юго-Западном, Брянском и Центральном фронтах.
Показал себя как хороший организатор и специалист, проявляя лично заботу в деле хорошей постановки медико-санитарной работы в частях и медико-санитарном батальоне дивизии, своевременной хирургической обработки, эвакуации и питания раненых бойцов.
В момент напряженных боев дивизии при прорыве обороны и преследовании противника в январе-марте 1943 года отлично справлялся с работой при значительном потоке раненых, имея ограниченное количество врачебного персонала и транспорта, лично производя сложные операции. Проявлял высокую оперативность и организованность в работе, чем сохранил много жизней бойцов и командиров. Много сделал для предупреждения сыпного тифа среди личного состава дивизии.
Дальнейшая служба Анатолия Афанасьевича проходила на Воронежском, 1-м и 2-м Украинских фронтах в должности корпусного врача 50-го стрелкового корпуса, заместителя начальника и начальника санитарного отдела армии. К этому времени он имел воинское звание гвардии подполковника медицинской службы.
В марте 1944 года был направлен на учебу в Военно-медицинскую академию слушателем командно-медицинского факультета, который окончил 30 апреля 1945 года.
За время войны получил два ранения и одну контузию.
Награжден двумя орденами Красной Звезды, медалями «За отвагу», «За оборону Москвы», «За победу над Германией», «За доблестный труд в Великой Отечественной войне» и другими наградами.
В июле 1945 года назначен на должность начальника кафедры военно-медицинской подготовки Ставропольского медицинского института.
В 1948 году был уволен из Вооруженных Сил.